ФК Вардар најтрофејниот фудбалски колектив и најпознат спортски бренд во земјава има долга историја која почнува во далечната 1947 година . На чело на клубот секогаш во почетоците и во времето кога истиот игра голема улога во екс Ју фудбалот стоеле познати скопски ликови луге кој биле интелектуалци и почитувани во околината . Ова се сите имиња кој биле дел од раководењето со нашиот црвено – црн љубимец :
• Димче Беловски – прв претседателот на спортското друштво “Вардар” во период од 22.јули 1947 до 27.јули 1948
• Ангеле Божиновски – прв претседател на фудбалската секција на “Вардар” во период од 22.јули 1947 до 12.јануари 1950 година
• Живко Тодоровски – претседател на ФК Вардар од 12.јануари 1950 до јули 1951 година
• Перо Коробар – претседател на ФК Вардар од 1951 до 1959 година
• Ристо Бужаровски – претседател на ФК Вардар од 1960 до 18.јануари 1963 година(Во неговиот мандат е освоен Купот на Маршалот-1961година)
• Ванчо Цветковски – претседател на ФК Вардар од 1963 до 1965 година
• Кочо Китановски – претседател на ФК Вардар од 1965 до 1970 година
• Блажо Ристоманов – претседател на ФК Вардар од 1970 до 1976 година
• Душко Ѓоргиев – претседател на ФК Вардар од 1976 до 1978 година
• Џоџа Николовски – претседател на ФК Вардар од 1978 до 1985 година
• Ангел Симов – претседател на ФК Вардар 1984-1985 година
• Стојан Чамински – претседател на ФК Вардар од 1985 до 1989 година (Во неговиот мандат вардар станува шампион во 1987 година)
• Филип Ѓурчиновски – претседател на ФК Вардар од 1989 до 1995
• Борче Дамев – претседател на ФК Вардар од 1995 до 1997
• Љубомир Чадиковски – претседател на ФК Вардар од 1997 до 1998
• Александар Трпевски – претседател на ФК Вардар од 1998 до 2003
• Драган Живковиќ – претседател на ФК Вардар од 2003 до 2004
Потоа следи еден по малце турбулентен и доста специфичен периодот. Така од 2004 до 2011 во ФК Вардар се менуваа многу раководни структури, и како претседатели на клубот во овој период се спомнуваат :
-Борче Ристевски, Васил Марковски – Циле, Трифун Костовски, Атанас Костовски, Орце Камчев, Ванчо Шехтански и Тони Костовски.
Во 2011 година по фузијата и спасот од испаѓање во втора лига зад црвено-црните застанува Градот Скопје и за претседател на клубот е избран Зоран Шишковски кој ја извршува функцијата до 20ти Јануари 2014.
Клубот влегува во нова модерна ера првпат управувачкиот пакет е во приватни раце . Така на 20 Јануари 2014 година ФК Вардар преминува во приватна сопственост и е целосно купен од страна на г-н Сергеј Самсоненко. Во моментот функцијата претседател на ФК Вардар ја извршува Мирко Спасески.