Пионерите на фудбалскиот клуб Вардар или генерацијата на играчи родени 2003 година, не беа во можност да ја бранат двојната круна освоена од минатата сезона, со оглед дека натпреварувачката 2019/20 сезона не финишираше поради пандемијата со корона вирусот. Одигравме само 16 натпревари, на кои забележавме 12 победи, 1 нерешен резултат и 3 порази. Драган Стефановски-Гаге беше тренерот кој ја водеше екипата во есенскиот дел, додека во пролетниот дел продолживме со Милан Коцески, под чие водство одигравме само два натпревари. Поразите беа во пролетниот дел од екипите на Работнички, Академија Пандев и Шкупи.
Одлично го стартувавме пролетниот дел кога остваривме и две победи, со кои ја намаливме негативата зад екипата на Акад.Пандев која најпрво ремизираше со екипата на Шкупи, додека дербито со Работнички беше одложено. Потоа настана ситуацијата со вирусот, а ФФМ најпрво стави прекин, а потоа и целосно ја прекинаа сезоната во младинските лиги, кои најверојатно ќе бидат поништени, односно нема да се прогласуваат Шампиони.
1 коло: Победа – Вардар 0:2
2 коло: Вардар – Шкендија 5:0
3 коло: Пелистер – Вардар 0:3
4 коло: Вардар – Шкупи 3:0
5 коло: Работнички – Вардар 2:1
6 коло: Вардар – Еуроспорт 5:0
7 коло: Македонија Ѓ.П – Вардар 0:6
8 коло: Њу Старс – Вардар 1:6
9 коло: Вардар – Акад.Пандев 2:4
10 коло: Вардар – Победа 3:0
11 коло: Шкендија – Вардар 2:3
12 коло: Вардар – Пелистер 6:0
13 коло: Шкупи – Вардар 2:0
14 коло: Работнички – Вардар 0:0
15 коло: Еуроспорт – Вардар 0:5
16 коло: Вардар – Македонија Ѓ.П 3:0
Се пласиравме и во 1/2 финалето од националниот Куп, каде требаше силите да ги одмериме со екипата на Шкендија. Во другото полуфинале требаше да играат екипите на Акад. Пандев и Работнички. Во претходните рунди лесно излегувавме како победници против екипите на Милано и Победа.
1/8: Вардар – Милано 4:1
1/4, 1 меч: Вардар – Победа 4:0
1/4, 2 меч: Победа – Вардар 0:3