Кошаркарскиот клуб Вардар е формиран во истата 1947 година кога е формирано нашето спортско друштво, како негова кошаркарска секција на 27 јули 1947. КК Вардар е најстариот кошаркарски клуб во Македонија
КК Вардар игра во Третата македонска кошаркарска лига и своите натпревари ги игра во СРЦ Кале.
Вардар во последните 10-тина години има создадено одлични играчи, но повеќето набрзо потпишувале за други клубови кои им нуделе подобри финансии. Тука може да се вбројат браќата Војдан и Дамјан, Ивица Димчевски, Марко Симоновски и Бојан Крстевски, а на млади години забележителна улога имале и Дарко Соколов и Александар Костоски.
За време на Југославија, Вардар нема настапувано во Првата југословенска кошаркарска лига. Единствени два тимови кои биле дел од нејзе се попознатите клубови Работнички (со 18 настапи) и МЗТ Аеродром (со 2 настапи). Трет клуб кој настапувал во Првата лига на екс Југославија е КК Македонија (во втората сезона од првенството), тим кој потекнувал од спортското друштво Македонија, од кој и настанало спортското друштво Вардар.По осамостојувањето на земјава во раните девеести КК Вардар нема значајна улога во Првата македонска кошаркарска лига и се натпреварувал во пониските лиги. Конечно во сезоната 1996/97, клубот успеал да влезе во Првата кошаркарска лига.
КК Вардар мечевите ги играл на различни места, во зависност од слободните термини. Како домашна сала се водела салата Расадник во Кисела Вода, но по потреба клубот играл мечевите и во Кале, Градски Парк и во салата Јане Сандански. Со почетокот на новиот милениум доаѓаат и најдобрите години во историјата на КК Вардар.
Сезоната 2001/02 клубот ја завршил на седмата позиција. Под палката на Марјан Лазовски, клубот успеваал да заврши прв од четири екипи кои се натпреваруваат во плеј аутот. За екипата на Вардар во оваа сезона настапувале Лазовски, Саздов, Трајковски, Даниловски , Поповски , Петрушев, Димитриевиќ , Благоевиќ, Ефтимов, Совковски, Апостолов и Петковиќ.
Во сезоната 2002/03 Вардар добил нов спонзор, а со тоа и првата промена на своето име. Клубот го сменил името во Вардар Империјал, а ресторанот Империјал бил новиот спонзор по чија палка клубот стигнал до своето прво полуфинале во историјата. Само кош ги делел Вардар од првото финале, меѓутоа на мечот во Струмица против Поло Трејд, изгубиле со два разлика и Струмичани биле тие кои ја добиле честа да се натпреваруваат за титулата. Во оваа сезона Вардар бил предводен од Мираковски, Совковски и Кралевски, додека тимот од клупата го води тренерот Ацо Тодоров. Боите на Вардар ги бранеле Јончевски, Ѓорѓиевски, Ѓорѓиески, Петровски, Кралевски, Апостолов, Мираковски, Гоцевски, Совковски, Михајловски и Петковиќ.
Во сезоната 2003/04 Вардар одново стигнал само до полуфиналната серија, но во истата бил поразен од МЗТ Аеродром со 4-1 во победи. Составот бил сличен како и во претходната сезона, а на клупата седел Марјан Лазовски. Нешовски, Ѓорѓиевски, Михајловски, Петровски, Кралевски, Апостолов, Мираковски, Гоцевски, Софковски, Даскаловски, Цветниќ, Батук.
Во сезоната 2004/2005 во клубот како спонзор влегла осигурителната компанија Вардар Осигурување и КК Вардар стигнал до своето прво финале. Не само што учествувал во финалето на првенството, туку бил учесник и на Куп финалето. Во финалната првенствена серија, Фершпед Работнички славел со 4-2 во победи. Во финалето од купот Вардар можел да жали што не дошол до својот прв кошаркарски трофеј, откако во завршницата одиграна во големата сала на Кале, успеал да прокоцка водство, Мираковски како најдобар поединец во екипата промашил клучни слободни фрлања, па Фершпед Работнички минимално триумфирал со 73-71. Ѓуровски, Ѓорѓиевски, Соколов, Наумовски, Кралевски, Грнчаров , Мираковски, Гоцевски, Стојанов, Даскаловски, Аврамовски и Батук биле момците кои предводени од Марјан Лазовски не успеале да стигнат до првиот трофеј на КК Вардар.
Сезоната 2005/2006 носела реприза на претходната сезона. Уште едно двојно загубено финале против Фершпред Работнички. Вардар дури и повел во финалната серија со победа во салата Градски Парк, но на крај загубиле со 4-1. Во купот било уште понесреќно финале загубено од претходното, Вардар влегол во последната четвртина со предност од 14 поени. Со лоша игра во последната четвртина искусните играчи на Работнички дошле до водство од три поени, но Вардар преку тогаш младиот Дарко Соколов имал шанса да израмни откако на седум секунди до крајот имал три слободни фрлања. Сепак доволно било промашувањето во второто слободно фрлање, за титулата да замине во неповрат. МВП на мечот одигран во Струмица бил Огнен Стојановски, братот на близнаците Војдан и Дамјан, репрезентативците на Македонија кои потекнуваат токму од школата на КК Вардар. Во оваа сезона за прв пат биле дел од сениорскиот клуб на КК Вардар, но не добиле значајна улога. Носители на тимот биле Соколов, Грнчаров, Кирил Павловски и Филип Кралевски. Под палката на Марјан Лазовски, црвено-црните бои ги бранеле Саздов, В. Стојановски, Соколов, Аврамовски, Кралевски, Грнчаров, Д. Стојановски, Стефановски, Крстевски, Даскаловски, Стојанов и Павловски.
Конечно после две финалиња во Првенството и во Купот, Вардар дошол до својот прв трофеј во сезоната 2006/07. Под името Вардар Осигурување во финалето на купот во Битола, ја совладале Струмица 2005 со 73-66 и заслужено дошле до единствениот трофеј во историјата на КК Вардар. Првата титула останува запишана зад името на тренерот Марјан Лазовски, а хероите на Вардар беа интернационалецот од Доминиканската Република, Карлос Морбан кој бил откритие на сезоната, искусниот Перо Блажевски, Самарџиев, Ѓуров, Павловски и Енес Хаџибулиќ. Во првенството Вардар го завршил настапот во полуфиналето.
Тука некаде завршиле златните години во КК Вардар. Вардар Осигурување го намалила спонзорството, па во клубот останал само Перо Блажевски, а шанса добиле младите Марко Симоновски, Ивица Димчевски како и Бојан Крстевски, играчи кои произлезени од школата на КК Вардар. Клубот сезоната 2007/08 ја завршил како седмопласиран од девет екипи и едвај успеал да се спаси од испаѓање.
Конфликтот меѓу Вардар Осигурување и Воиновски, претседателот на КК Вардар прераснал во голема битка која водела до заминување на спонзорот Вардар Осигурување. Осигурителната компанија продолжила да спонзорира тим во втората кошаркарска лига, односно КК Вардар Осигурување, додека Вардар под името Вардар 2000 продолжил да се натпреварува во Првата лига.
Вардар сезоната 2008/09 ја завршил на седмата позиција, и само за една победа не успеал да влезе во Плејофот. Причина за тоа биле двата порази од главниот конкурент Овче Поле. Во Кале таа сезона изгубил МЗТ Аеродром, како и тогаш силниот Свислион Пелистер во натпревар во кој Вардар губел со 20-тина поени разлика, но успеал да направи целосен пресврт, па дури и славел со поголема разлика.
Сезоната 2009/10 Вардар ја завршил како последно пласиран, односно како деветти после откажувањето на АМАК СП. Таа сезона се одржала мини плеј-аут лига во која Вардар одбил да игра против МЗТ и службено го изгубил гостинскиот натпревар. Имено, челниците на Вардар барале одложување на мечот поради болест на шест играчи, но комесарот на натпреварувањето го одбил барањето по што КК Вардар 2000 не се појавил на теренот, по што освен службениот пораз, заработил и казна со одземање на еден поен. На Вардар му недостасувала само една победа да обезбеди опстанок, но го загубил клучниот меч против Плејмејкер Кубус во Кале. Интересно, во моментите по откажувањето на АМАК СП од лигата, Охриѓани барале враќање во истата, но Вардар гласал против, обвинувајќи ги за кражба на близнаците Стојановски. Војдан и Дамјан беа дадени на шест месечна позајмица, но истите претојот го продолжиле на уште една година и според управата на КК Вардар, тоа било нерегуларно направено. Голем дел од натпреварите Вардар ги загубил доста несреќно со минимална разлика, воглавно направена во последните секунди од натпреварите. КК Вардар 2000 завршил на последната позиција во плеј аут фазата зад Плејмејкер Кубус и МЗТ Аеродром и по подолго време испаднал од Првата лига.
Сезоната 2010/2011 Вардар ја минал во втората лига, каде што експресно успеал да се пласира назад во елитата со 16 победи на 16 мечеви. Тимот составен од Дарко Радуловиќ, Филип Кралевски, Александар Штерјов, Стефановски, Лефковски, Костески, Пајиќ и Ангел Тасевски немал конкуренција во Втората лига, па во наредната сезона истите играчи добиваат шанса да играат во Првата лига. Вардар во тие години доминирал во младинската кошарка и успеал да ги освои трофеите во сите младински конкуренции. Дел од играчите од младинците биле префрлени во првата екипа.
Во сезоната 2011/12, МКФ вовеле правило дека во првото полувреме секој тим мора да има барем по еден младинец на теренот, правило кое највеќе му одговарало на Вардар, тим составен исклучиво од млади кошаркари и неколку поискусни. Токму поискусните Радуловиќ, Штерјов, Кралевски, Владимир Георгиевски и Тасевски му донеле одлични резултати на Вардар на стартот од сезоната. Вардар одбил да го игра првиот меч од сезоната против Работнички, бидејќи нивната управа немала платено котизација и Вардар го добил истиот со службени 0-20. Вардар бил доминантен во првото полувреме од натпреварите, но за жал во второто полувреме во кое не важело правилото за младинците, ги губел мечевите во последните моменти. Вардар не успеал да влезе во Супер лигата и откако ја загубил шансата за влез, Вардар ги дал на позајмица своите двајца најдобри кошаркари, Дарко Радуловиќ заминал во Фени Индустри, додека Александар Штерјов го засилил МЗТ Аеродром, и како седмопласиран отишол во плеј аутот, во кој само го зацементирал претходното седмо место. Тренер на екипата бил Борче Даскаловски.
После неколку сезони, за прв пат во сезоната 2012/13 Вардар се засилил со неколку странци во составот. За тимот потпишал центарот од Србија, Драган Керкез, а тука бил и Дарко Ѓуриќ, за подоцна да потпише и Владимир Гајовиќ. Вардар мечевите ги почнал со подмладен состав, со една нова младинска шампионска генерација, предводена од Лазаревски, Ивановиќ и Пајиќ. Тука бил и Дарко Костески кој истотака играл одлично под кошевите. Предводник на екипата бил Бране Андриевски, заедно со помошниците од младинските школи, Дарко Крстиќ и Владимир Мирковски. Вардар и во оваа сезона се натпреварувал во плејаутот заедно со Струмица и Пелистер. Вардар завршил на последното место во плејаут натпреварувањето и клубот паднал во Втората лига.
Во сезоната 2013/14 на стартот во Втората лига, Вардар бил исклучен од натпреварувањето. Имено, КК Апаве во претходната сезона успеал да влезе од Втората во Првата лига. Двата клуба решиле да ги спојат своите младински школи, меѓутоа да си постојат двата клуба кои ќе настапуваат регуларно во Првата и во Втората лига. Но, на мечот од првото коло меѓу Вардар и Водњански Лисици, делегатот не дозволил да почне натпреварот, бидејќи Вардар бил обвинет дека нема играчи, бидејќи сите играчи биле регистрирани во Апаве или на име Вардар 2000, клубот кој за МКФ повеќе не постоел. Управата на Вардар велеле дека нема никакво фузирање со Апаве, туку КК Вардар само го превзема спортското право на КК Вардар 2000 кој отпаднал од Првата лигата. И покрај се, КФМ не му дозволува на Вардар да се натпреварува во Втората лига.
Поради исфрлувањето, сезоната 2014/15 ја започна во Третата лига каде е лидер на табелата по крајот на првите 7 кола од есенскиот дел.