Најтрофејниот клуб во Македонија и најголем спортски бренд, Вардар прв дојде до идеја да формира лига, натпреварување кое ќе ги обедини сите школи да играат меѓусебно во различни возрасни генерации и да ги покажуваат своите квалитети и талент. Веќе е втора сезона на таканаречената “Јуниор“ лига, во која се натпреваруваат девет фудбалски школи од Македонија, меѓу кои е и ФК Вардар. Уште од првата сезона ваквата лига започна да ги дава првите резултати и неколку играчи од другите школи беа препознавани како квалитетни од страна на стручните лица во Вардар и прекомандувани во младинските екипи на фудбалскиот клуб Вардар.
Играчи кои од Јуниот лигата преминаа во:
Вардарова генерација “2005”: Василиј Мариновски
Вардарова генерација “2004“: Марко и Матео Софијаноски
Вардаровата генерација “2003” : Филип Ѓорѓоски, Антонио Мирков, Лео Андрески, Димче Мешкоски.
Вардарова генерација “2002“: Мартин Ѓорѓиевски, Петар Гугуљанов, Анатолиј Петејчук,
Вардарова генерација “2001“: Виктор Петковски, Михаил Ристески,
Вардарова генерација “2000“: Александар Ѓорѓиески, Давид Денковски, Филип Антовски,